Instrumento da Política Nacional do Meio Ambiente regulamentado pelo Decreto nº 4.297 de 2002, o Zoneamento Ecológico e Econômico tem como objetivo proporcionar o desenvolvimento sustentável compatibilizando o desenvolvimento socioeconômico com a conservação ambiental. O ITCO, por meio da sua equipe técnica multidisciplinar, atua na delimitação de zonas ambientais e atribuição de usos e atividades compatíveis segundo as características (meios físico, biótico e socioeconômico) de cada uma delas para subsidiar os gestores públicos na tomada de decisões.